地下水資源主要由降雨和地面水入滲儲存至可透水巖石層(又稱地下水層)，地球上估計約有八十四百萬億噸的地下水，分布范圍深又廣，蘊藏在地表下數多公尺的地下水，無法像空氣污染、水污染、廢棄物污染及噪音污染等可直接透過感官發現污染情形，不易察覺的環境污染特性無形的間接影響著人民健康及用水安全，為防治土壤及地下水污染和掌握地下水水質狀況，地下水監測井即扮演著重要要角色。

    2000年以前每省平均設置455口地下水監測井，其設置目的為區域性地下水背景調查，設置13口(約3%)，而后陸續增設監測井，加強地下水井網密度，包含環保監測井53口、工業區備查井30口、水利觀測井15口及營運中掩埋場監測井6處12口。有鑒于監測井設置所費不貲，監測井狀況將影響水質監測之代表性，故環境保護透過每年定期執行監測井維護管理，維持監測井正常功能，同時進行水質采樣作業，并經地下水檢驗分析推估可能污染物，將檢驗分析結果建于環境保土壤及地下水管理資訊系統中，建立長期資料可提供地下水相關研究應用分析，再依據歷年檢驗結果調整監測頻率及檢驗項目，掌握土壤及地下水水質狀況。

    歷年監測計劃建立的資料庫，可透過監測數據進行氨氮、重金屬、總有機碳等多項監測項目及地下水流向模擬分析，觀察地下水水質背景變化，結合水文地質調查亦可提升地下水污染調查與整治的效益，使民眾用水無憂同時確保健康安全與環境衛生。